AP-dC 40 nmol scale

AP-dC es un análogo tricíclico de Aminoetil-Fenoxazina 2’-desoxiCitosina. Como tal, AP-dC es un análogo de citosina capaz de unirse de forma similar a un "grillete" a la guanina (también conocido como G-clamp).

La estructura heterocíclica de fenoxazina proporciona una base estable para que la amina protonada de una cadena aminoetílica interactúe con la posición O6 de una molécula complementaria de dG. Como consecuencia, el AP-dC estabiliza un dúplex debido a su capacidad para interactuar tanto con las caras de Watson-Crick como con las de Hoogsteen de la guanina objetivo.

En la práctica, el G-clamp tiene un efecto dramático sobre la estabilización del dúplex. La incorporación de un solo G-clamp en un decámero poli-pirimidínico da como resultado un aumento de 18 °C en la temperatura de fusión del dúplex en relación con un control que contiene 5-Me-dC en el mismo punto. Además, el G-clamp dC también aumenta la discriminación de desequilibrio. La interacción específica entre el G-clamp y el residuo de guanina no se ve afectada por la naturaleza del dúplex. La temperatura de fusión de un dúplex de ADN-ADN en forma B que contiene G-clamp se incrementó en una medida similar a la de un híbrido ADN-RNA en forma A.

Finalmente, se ha demostrado que las bases AP-dC son capaces de aumentar la eficiencia de hibridación de manera aditiva sobre más de una adición de AP-dC.

La modificación AP-dC es un análogo de citosina altamente potente y sensible a desequilibrio que tendrá aplicaciones en la elucidación de la función génica, en la validación de objetivos génicos y en el desarrollo de oligonucleótidos antisentido más potentes. Además, se ha demostrado que una sola incorporación de AP-dC en el terminus 3’ protege a los oligonucleótidos de fosfodiéster de la digestión por exonucleasa 3’. Lo más interesante es el uso de AP-dC para el desarrollo de oligonucleótidos cortos para su uso en ensayos de diagnóstico in vitro altamente específicos de polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) y otros.