Los 2’-deoxi-2’-fluoro-nucleósidos adoptan una conformación de azúcar tipo ARN, presumiblemente debido a la alta electronegatividad del flúor. Debido a esta conformación de azúcar, los dúplex de ARN (forma-A) son generalmente más estables termodinámicamente que los dúplex de ADN (forma-B). Como era de esperar, la adición de residuos de 2’-F-ARN a los oligodeoxinucleótidos aumenta progresivamente la estabilidad térmica de sus dúplex con ARN. La estabilización es aditiva, aproximadamente 2° por residuo. Esto se compara favorablemente con 2’-OMe-ARN, que tiene alrededor de 1.5° y ARN con 1.1° por residuo. Mientras tanto, la especificidad del par de bases se mantiene intacta.
Los enlaces fosfodiéster de 2’-F-ARN no son resistentes a las nucleasas, aunque los enlaces correspondientes de fosforotioato son altamente resistentes. Los investigadores suelen diseñar oligonucleótidos antisentido para formar dúplex con ARN, los cuales luego son sustratos para RNasa H. Los dúplex de 2’-F-ARN/ARN modificados uniformemente no son sustratos para RNasa H. Sin embargo, es sencillo preparar oligonucleótidos quiméricos de 2’-F-ARN/ADN de fosforotioato que exhiben una mayor afinidad por el objetivo de ARN, son sustratos para RNasa H y son altamente resistentes a nucleasas.
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